Dans une société où il devient urgent de réduire l’empreinte environnementale des activités humaines, l’établissement d’un diagnostic fiable de la qualité des divers écosystèmes (terrestres, aquatiques, atmosphériques) est une priorité absolue. Les microorganismes, de par leur petite taille, leur énorme diversité taxonomique et fonctionnelle, leurs capacités d’adaptations aux perturbations et leur forte implication dans les cycles biogéochimiques sont des candidats incontournables pour élaborer ce diagnostic.

 

Au regard de l’enjeu que représente aujourd’hui le développement du diagnostic environnemental, il devient important de faire un bilan de ces avancées scientifiques et méthodologiques afin de pouvoir identifier, voire hiérarchiser, les techniques les plus à-mêmes de fournir des bioindicateurs sensibles et robustes. Dans ce contexte, l’ADEME (Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie) et l’OFSV (Observation Français des Sols Vivants) ont coordonné un groupe d’experts nationaux afin d’élaborer un ouvrage collectif dont les objectifs sont :

• de décrire et d’expliquer les différentes techniques relevant de la microbiologie moléculaire capables de caractériser l’abondance, la diversité, l’activité et les potentialités fonctionnelles des communautés microbiennes indigènes de diverses matrices environnementales (eau, sol, air, substrats déchets…) ;

• d’identifier les techniques ayant une forte potentialité à fournir des indicateurs pertinents et robustes de la qualité biologique de notre environnement ;

• de faire un bilan des applications réelles de ces techniques pour évaluer ou remédier à l’impact des activités humaines (agricoles, industrielles, urbaines) sur les différentes matrices environnementales ;

• de proposer un tableau de bord opérationnel en microbiologie moléculaire pour effectuer un diagnostic de la qualité des matrices environnementales.

Dans le cadre de la publication nationale et internationale de cet ouvrage à l’automne 2017 l’ADEME, l’OFSV et le GDR (Groupement de Recherche) de Génomique Environnementale (CNRS/INRA) organisent une journée scientifique et technique sur ce thème. Cette journée sera articulée autour de conférences scientifiques, d’exemples d’applications techniques par des organismes publics ou privés et d’une table ronde donnant la parole aux laboratoires et acteurs dans ces domaines scientifiques et d’applications. Cette journée aura pour ambition de stimuler les échanges entre chercheurs d’instituts publics, gestionnaires de sites anthropisés, étudiants, industriels, société civile, laboratoire de prestations analytiques dans le domaine environnementale, bureaux d’étude, ingénieurs d’instituts techniques (agricoles, écotoxicologie, déchets, sites urbains…) etc.

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La capacité d’accueil de cette journée est limitée à 110 personnes et le coût de l’inscription est de 100€ TTC, incluant les pauses, le repas de midi et un exemplaire de l’ouvrage. Les pauses et le repas se feront dans un hall dédié aux stands des partenaires de la journée favorisant les interactions.

 

 

Pré-Programme de la journée

 

9h-9h30 : accueil café

9h30-9h45 :       Introduction de la journée P Wincker (CEA Genoscope)

9h45-10h :         Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental » (P Cuny, PA Maron, L Ranjard)

10h-10h20 :       La métagénomique au service du diagnostic environnemental. P Peyret

10h20-10h40 : 4 présentations Flash de 5 mn pour 4 applications d’outils de métagénomique (eau, sol, air, déchets)

10h40-11h :       La métatranscriptomique au service du diagnostic environnemental. A Quaiser, A Dufresne

11h-11h20 :       4 présentations flash autour de l’application de la métatranscriptomique

11h20-11h40 : La métaprotéomique au service du diagnostic environnemental. PA Maron

11h40-12h :       3 présentations flash autour de l’application de la métaprotéomique

12h-13h30 : repas

13h30-13h55 : La métabolomique au service du diagnostic environnemental. P Schmitt Kopplin

13h55-14h10 : 3 présentations flash autour de l’application de la métabolomique

14h10-14h50 : Les approches Multiomic et leurs applications. P Wilmes

14h50-15h10 : Quel tableau de bord analytique pour quelle question et quelle matrice environnementale ? 

15h10-15h40 : pause

15h40-16h :       Présentation de l’offre de prestation en microbiologie moléculaire en France (4-5 flash de labos privés)

16h-17h :            Table ronde : Formaliser le besoin en outil et l’offre de diagnostic, la parole aux utilisateurs et aux prestataires.

17h -17h15 :      Conclusion du colloque par un représentant de l’ADEME

 

Comité d’organisation

P Peyret (Prof. Univ Clermont Ferrand)

T Bouchez (IRSTEA Anthony)

P Cuny (Prof Univ Aix Marseille)

PA Maron (INRA Dijon)

L Ranjard (INRA Dijon)

E D’oiron (Observatoire Français des Sols Vivants)

A Bispo (ADEME)

I Desportes (ADEME)

C Grand (ADEME)

 

Les sponsors de cette journée sont:

ADEME, OFSV, GDR Génomique environnementale, Suez, Veolia, BRGM, TimacAgro, TMCE, ONEMA, Genoscreen

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