Remote Hackathon Galaxy RADseq

Rennes, 7-8 mars 2016

Contact: Yvan Le Bras [yvan.le_bras@irisa.fr]

Le GDR3692 soutient  :

Le hackathon international IUC Galaxy RADseq outils et workflows a réuni entre 11 et 13 personnes à l'INRIA de Rennes.

 

Une première demi journée a été consacrée à de la formation (i) à la technologie RADseq et son application, (ii) à Planemo et Bioconda pour faciliter le développement d'outils Galaxy et la gestion de leurs dépendances, (iii) à Docker et comment développer des outils Galaxy sous Docker.

 

Le reste de l'événement était consacré au développement et/ou à la mise à jour d'outils et workflows Galaxy permettant l'analyse de données RADseq. Trois pipelines d'intérêt on ainsi fait l'objet des développements, STACKS, dDocent et pyRAD. Pour chacun des outils, ont été packagés les dépendances nécessaires sous forme de recettes Bioconda et d'images Docker.

Pour STACKS, les outils Galaxy précédemment développés par la plateforme GenOuest ont été repris afin d'être mis à jour vis à vis de STACKS et d'ajouter notamment des tests fonctionnels et l'ajout de visualisations d'intérêt. Le travail est bien avancé mais toujours en cours.

Pour dDocent et pyRAD, l'écriture des outils Galaxy a été débutée, et ces tâches se poursuivent. Les échanges initiés pendant le hackathon avec la Galaxy team et les différents intervenants internationaux se poursuivent via Github. Une fois les développements terminés, un portage de ces outils pour réaliser des appliances dédiées RADseq sur le cloud IFB sera facilité.